Fakultas Agama Islam Universitas Islam Lamongan (FAI Unisla) berdiri pada tahun 1979, adalah embrio dari Universitas Islam Lamongan. FAI Unisla pada awalnya adalah cabang dari Fakultas Agama Islam Universitas Sunan Giri (Unsuri) Jawa Timur. Pada tahun 1983 mendapat ijin penyelenggaraan pendidikan sendiri  dengan nama  Fakultas Agama Islam Universitas Sunan Giri (Unsuri) Jawa Timur di Lamongan dengan Surat Keputusan Menteri Agama No. Kep./E.III/PP.000.2/1303/83, tanggal 16 April 1983.

Pada tahun 1989 berubah menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah (STIT) Sunan Giri Lamongan,  dengan Surat Keputusan Menteri Agama Nomor 58 Tahun 1989, tanggal 11 Maret 1989. Pada tahun 2001 berubah menjadi Fakultas Agama Islam berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama No.E/115/2001, tanggal 9 Mei 2001.

Berkembang seiring waktu, FAI Unisla senantiasa bertransformasi mengembangkan pendidikan Islam untuk menyediaakan SDM unggul guna pengembangan kelembagaan di Kabupaten Lamongan dan sekitarnya. FAI Unisla senantiasa menjawab kebutuhan dengan mengembangkan berbagai program studi. Kini, FAI Unisla memiliki 5 (lima) program studi, yang meliputi 4 (empat) program studi sarjana, diantaranya:

1. Pendidikan Agama Islam (PAI)

Program Studi Pendidikan Agama Islam mencetak guru PAI untuk lembaga pendidikan formal seperti MTs/SMP, MA/SMA sederajat. Terakreditasi Unggul, dan melahirkan Sarjana Pendidikan Agama Islam dengan gelar S.Pd.

2. Ekonomi Syariah (ES)

Program Studi Ekonomi Syariah melahirkan lulusan yang dapat bekerja sebagai Ekonom di sektor Perbankan Syariah, Koperasi Syariah, atau BMT. Terakreditasi Baik, melahirkan lulusan Sarjana Ekonomi dengan gelar SE.

3. Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI)

Program Studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah menghasilkan lulusan yang siap menjadi guru pendidikan dasar pada jenjang MI/SD. Terakreditasi Baik Sekali, melahirkan Sarjana Pendidikan dengan gelar S.Pd.

4. Pendidikan Islam Anak Usia Dini (PIAUD)

Program Studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah menghasilkan lulusan yang siap menjadi guru pendidikan dasar pada jenjang TK/RA. Terakreditasi Baik Sekali, melahirkan Sarjana Pendidikan dengan gelar S.Pd.

Dan dan 1 program studi Pascasarjana/Magister yakni Magister Pendidikan Agama Islam (PAI). Program Studi Magister Pendidikan Agama Islam (S2) mencetak guru dan pengembang pembelajaran agama Islam. Terakreditasi B, dan melahirkan magister Pendidikan Agama Islam dengan gelar M.Pd.

Bersama dosen-dosen yang expert di bidangnya dan berkualifikasi Doktor, FAI Unisla siap membersamai pengembangan bakat dan potensi mahasiswa mengapai masa depan. Yang cerdas, berprestasi dan berkarakter islami.