Universitas Islam Lamongan mendirikan Program Studi Pascasarjana di bawah Sekolah Pascasarjana, dengan nomor Surat Keputusan (SK) pendirian PS DJ-II/219/2002 tanggal 11 Juli 2002. Program Studi Magister Ilmu Agama ini kemudian memulai penyelenggaraannya pada bulan September 2002. Izin perpanjangan operasional PS tersebut diperoleh melalui SK Dj.I/315/2009 yang dikeluarkan pada tanggal 4 Juni 2009.  Kemudian pada tahun 2018, berdasarkan Keputusan Dirjen Pendis nomor 4664 tanggal 24 Agustus 2028  ada penyeluasian nomeklatur program studi pada Program Magister Universitas Islam Lamongan dari Magister Ilmu Agama Islam menjadi Magister Pendidikan Agama Islam yang bergelar M.Pd.